ماده 5 قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مودیان :

فرایند کلی ثبت معاملات و محاسبه مالیات بر ارزش افزوده در سامانه مؤدیان به صورت زیر است :

الف ـ صورتحساب الکترونیکی، توسط فروشنده از طریق سامانه مؤدیان صادر می شود. در مورد مؤدیانی که مستقیماً با مصرف کننده نهائی ارتباط دارند، عملیات ثبت فروش و صدور صورتحساب الکترونیکی، توسط پایانه فروشگاهی انجام می شود.

ب ـ در صورتی که خریدار، مصرف کننده نهائی نبوده و خود عضو سامانه مؤدیان باشد، صورتحساب الکترونیکی صادرشده توسط فروشنده، به صورت خودکار به کارپوشه وی در سامانه مؤدیان منتقل می شود و به عنوان اعتبار مالیاتی برای او منظور می شود.

تبصره :

مؤدیان مالیاتی مکلفند ظرف مدت سی روز از تاریخ درج صورتحساب الکترونیکی در کارپوشه مؤدیان نسبت به اعلام پذیرش یا عدم پذیرش این صورتحساب ها اقدام کنند. عدم اظهارنظر ظرف مدت مذکور به منزله تأیید صورتحساب مربوط می باشد.

پ ـ در پایان هر دوره سه ماهه، بدهی مالیات بر ارزش افزوده مؤدی که عبارت است از مابه التفاوت مالیات فروش و مالیات خرید ( اعتبار مالیاتی ) وی در طول دوره، طبق مقررات توسط سامانه محاسبه می شود.

در صورتی که مالیات فروش مؤدی بیشتر از مالیات خرید ( اعتبار مالیاتی ) وی باشد، مؤدی موظف است مابه التفاوت را به ترتیبی که سازمان مقرر می کند، به حساب سازمان واریز کند. متقابلاً در صورتی که مالیات فروش مؤدی کمتر از مالیات خرید ( اعتبار مالیاتی ) وی باشد، سازمان موظف است با رعایت ترتیبات قانونی مربوطه مابه التفاوت را به مؤدی مسترد کند.

ت ـ پس از اتمام مواعید مقرر در ماده 3 این قانون، مأموران مالیاتی جز در مواردی که
در این قانون اجازه داده شده، نباید در تشخیص بدهی مالیات بر ارزش افزوده اشخاص
مشمول دخالت کنند.

ث ـ به منظور تکمیل اطلاعات سازمان در خصوص مؤدیانی که عضو سامانه مؤدیان نبوده یا بدون صدور صورتحساب الکترونیکی اقدام به فروش می کنند، سامانه مؤدیان باید به گونه ای طراحی شود که مؤدی بتواند خریدهای خود را که فروشنده برای آنها صورتحساب الکترونیکی صادر نکرده است، به سازمان اطلاع دهد.

تبصره :

گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است امکان انتقال الکترونیکی و برخط اطلاعات مالیات بر ارزش افزوده پرداخت شده توسط واردکنندگان را به سامانه مؤدیان از طریق مرکز ملی تبادل اطلاعات فراهم کند.