پرونده ‌های مالیات بر ارزش افزوده که تاریخ تعلق آنها قبل از لازم‌الاجراءشدن این قانون است، از نظر تعیین مأخذ مشمول ‏مالیات و نرخ مالیات، جرایم و تکالیف مؤدیان و مأموران مالیاتی و نحوه رسیدگی تابع قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17 / 2 / 1387می‌باشد، اما در مورد رفع اختلاف سازمان با مؤدی، ‏قطعیت، وصول، توزیع و تسویه، تابع احکام و مقررات این قانون است.‏