مؤدیان مکلفند مالیات و عوارض فروش موضوع این قانون را از خریدار یا کارفرما وصول کنند و پس از کسر مالیات و عوارض پرداختی، مطابق مقررات به حساب سازمان واریز نمایند.
* تبصره ۱ :
سازمان می‌تواند تمام یا برخی از مؤدیان مشمول این قانون یا مشتریان آنها را مکلف کند مالیات و عوارض متعلقه را همزمان با صدور صورتحساب به حساب سازمان واریز نمایند. آیین‌نامه اجرائی این تبصره ، مشتمل بر فهرست مؤدیانی که مشمول این حکم می‌شوند و نحوه پرداخت مالیات و عوارض متعلقه با پیشنهاد سازمان، به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد.
مالیات و عوارضی که به این ترتیب به سازمان پرداخت می‌شود، به حساب بستانکاری فروشنده منظور می‌شود و برای خریدار، در صورتی که مصرف‌کننده نهائی نباشد، اعتبار مالیاتی به‌حساب می‌آید.
* تبصره ۲ :
گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است مالیات و عوارض کالاهای وارداتی را در زمان ترخیص قطعی و مالیات و عوارض کالاهای متروکه را قبل از ترخیص نهائی وصول و به‌صورت برخط به حساب سازمان واریز کند. گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است ضمن درج اطلاعات پرداخت در پروانه‌های گمرکی و یا فرمهای مربوط، امکان دسترسی برخط سازمان به پایگاههای اطلاعاتی ذی‌ربط را فراهم نماید. گمرک مکلف است در «ورود موقت» و «ورود موقت برای پردازش»، تضمینات لازم را بر اساس مقررات تبصره ماده ۵۳ قانون امور گمرکی أخذ کند.
* تبصره ۳ :
واردکنندگان کالا از مناطق آزاد تجاری - صنعتی به سرزمین اصلی مکلفند کالا های مزبور را به گمرک اظهار نمایند. گمرک موظف است از قسمتی از کالا های اظهار شده که به‌موجب بند «ب» ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب ۱۶ / ۱/ ۱۳۹۶، «تولید داخل» محسوب می‌شود، فقط مالیات و عوارض، و از قسمت باقی مانده که «کالای وارداتی» محسوب می‌شود، مالیات و عوارض و حقوق ورودی را دریافت و مالیات و عوارض آن را به حساب سازمان واریز کند.
* تبصره ۴ :
واردکنندگان خدمت مکلفند با رعایت تبصره ۳ ماده ۱۰ این قانون، مالیات و عوارض متعلقه را محاسبه و طبق مقررات این قانون پرداخت نمایند. چنانچه محل ارائه خدمت و مصرف آن در خارج از کشور باشد، مشمول این حکم نمی‌باشند.
* تبصره ۵ :
مالیات و عوارض آب، برق و گاز با توجه به مالیات و عوارض مندرج در صورتحساب ( قبوض ) مصرف‌کنندگان و همچنین نفت تولیدی ( نفت خام، میعانات گازی و گاز طبیعی خام ) و فرآورده‌های تولیدی و وارداتی، فقط یک بار در زمان فروش ( صدور صورتحساب ) ، در انتهای زنجیره تولید و توزیع آنها توسط شرکتهای تابعه وزارت نفت ( بابت پنج فرآورده اصلی و سوخت هوایی ) و یا شرکت های پالایش نفت ( بابت سایر فرآورده ها ) و شرکت های گاز استانی و شرکت های تابع ذی ربط وزارت نیرو و شرکت های توزیع برق، آب و فاضلاب شهری و روستایی استانی بر مبنای قیمت فروش مصوب داخلی محاسبه، ثبت و وصول و پس از کسر اعتبارات مالیات و عوارض زنجیره مذکور به حساب سازمان نزد خزانه داری کل کشور واریز می‌شود.
آیین نامه اجرائی این تبصره در خصوص نحوه ثبت مالیات و عوارض در دفاتر یا سامانه مؤدیان تعیین شرکت های فعال در زنجیره قبل از انتهای زنجیره توزیع و فروش، نحوه انتقال اعتبارات مالیات و عوارض به انتهای زنجیره، رسیدگی، مطالبه، تهاتر، استرداد، وصول و واریز به حساب تعیین‌شده سازمان ظرف شش ماه پس از تصویب این قانون با پیشنهاد مشترک سازمان، شرکت ملی نفت ایران و توانیر به‌تصویب وزیران امور اقتصادی و دارایی، نفت و نیرو می‌رسد.