ساختار و تشکیلات مورد نیاز سازمان در سطح کشور و استان‌ها متناسب با شرایط اقتصادی هر منطقه و با توجه به شاخصهایی مانند میزان وصول مالیات، تعداد پرونده‌ها و تعداد مؤدیان بدون الزام به رعایت سطح تقسیمات کشوری با رعایت بند «الف» ماده ‌28 قانون برنامه ششم توسعه از طریق وزیر امور اقتصادی و دارایی به سازمان اداری و استخدامی کشور پیشنهاد و پس از تصویب هیأت وزیران قابل اجراء است.