الف ‌) مواد 161 ، 162 ، 167 ، 169 مکرر ، 171 ، تبصره 1 ماده ‌177 ، 178 ، 182 ، ‏‏186 و تبصره 1 آن ، 191 ، 198 ، 202 ، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد 210 تا 216 ، 218، 219، 231 ، 232 ، 235 ، 242 ، 243 ، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد 257 ، 274 منهای بند 3 آن ، 275 ، 276، 277 و 279 قانون ‏مالیات‌های مستقیم در مورد این ‏قانون جاری است. احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه مأخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. احکام فصل سوم باب پنجم قانون مالیات‌های مستقیم در خصوص مواد 29 و 32 این قانون جاری نمی‌باشد.

* تبصره ۱ :

شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده ‌219 قانون مالیات ‌های مستقیم در مورد مؤدیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه ‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان جاری نمی‌باشد. این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده ‌14 این قانون و تبصره 1 ماده 19 قانون پایانه ‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه‌ های مالیاتی مؤدیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده 219 قانون مالیات‌های مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه ‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان شود.

* تبصره 2 :

در خصوص مؤدیان عضو سامانه مؤدیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مؤدی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید. 

* تبصره ۳ :

به منظور رسیدگی به پرونده‌های قابل طرح این قانون در شورای‌عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می‌یابد.

ب‌ ) در صورت عدم عضویت مؤدیان در سامانه مؤدیان مواد 97 ، 169 ، 181 ، 230 و بند 3 ماده ‌274 قانون مالیات‌های مستقیم در مورد مالیات ‌های این قانون، جاری است.

* تبصره :

ماده ‌272 قانون مالیات ‌های مستقیم و تبصره ‌های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده ‌3 قانون پایانه‌ های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، در مورد مالیات‌ های این قانون جاری است.