چون درمورد نحوه استرداد و همچنین حوزه مالیاتی صالح جهت استرداد اضافه پرداختی بابت مالیات بر درآمد حقوق بین برخی از ماموران تشخیص و مودیان مالیاتی اختلاف نظرهایی بروز کرده است لذا به منظور رفع ابهام و اتخاذ رویه واحد موارد زیر را متذکر می شود :
الف ) در مواردیکه کارفرما حسب مفاد ماده 85 ق.م.م مصوب 3 / 12 / ۱۳66 و با در نظرگرفتن کلیه معافیت های قانونی مربوط به درآمد حقوق نسبت به کسر و واریز مالیات حقوق بگیر به حوزه مالیاتی اقدام نموده لکن حقوق بگیر به عللی مانند ترک خدمت در ضمن سال و امثالهم بابت مالیات بردرآمد حقوق اضافه پرداختی داشته باشد درچنین مواردی چون کارفرما مقررات مالیاتی را بطور صحیح اجراء نموده است واضافه پرداختی بر مبنای مقررات تحقق یافته برای استرداد اضافه پرداختی مالیات لازم است حقوق بگیر طبق مدلول ماده 87 اقدام نماید.
ب ) هرگاه اضافه پرداختی بعلت عدم آگاهی ازمقررات و یا استباط اشتباه در مدلول موارد قانونی و یا اشتباه در محاسبه ازطرف کارفرما تحقق یافته است کارفرما بدون رعایت معافیتهای مذکور درقانون مانند بندهای مختلف ماده 91 یابخشودگی مالیاتی ماده 92 و یا سایر معافیت ها اقدام به کسر مالیات ازحقوق بگیر و واریزآن به حساب مالیاتی نموده باشد چنین مواردی موضوعا ازشمول حکم ماده 87 خارج بوده و درخواست استرداد آن مقید به محدوده زمانی خاصی نمیباشد و بنا به احکام کلی ماده 242 و ماده 243 قابل استرداد خواهد بود و حوزه صالح برای استرداد همان حوزه ای است که مالیات به حساب آن واریز شده است ضمنا در موارد مذکور در این بند کارفرما میتواند حسب درخواست کارکنان ذینفع و پس از هماهنگی با حوزه مالیاتی مربوط نسبت به جبران اضافه پرداختی طی فهرست مالیات حقوق ماه های بعد تا تسویه آن اقدام نماید.