پس از راه ‌اندازی سامانه مؤدیان، همه مشمولان این قانون موظفند به ترتیبی که سازمان مقرر و اعلام می‌کند، در سامانه مزبور ثبت نام نموده و معاملات خود را در آن ثبت نمایند. ثبت معاملات ( خرید و فروش ) در سامانه مؤدیان، به منزله ثبت در دفاتر قانونی است. تا آن زمان، ترتیبات ثبت ‌نام، نحوه ارائه اظهارنامه‌های مالیاتی و رسیدگی به آنها حسب مقررات قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب 17 / 2 / 1387 و اصلاحات بعدی آن است. در سایر موارد، مفاد این قانون جاری است.